En 1540, San Ignacio envió a Francisco Javier y a Simón Rodríguez a la India en la primera expedición misional de la Compañía de Jesús. Para embarcarse, Francisco Javier llegó a Lisboa hacia fines de junio.  Inmediatamente, fue a reunirse con el P. Rodríguez, quien se ocupaba de asistir e instruir a los enfermos en el hospital donde vivía. Javier se hospedó también ahí y ambos solían salir a instruir y catequizar en la ciudad.  Pasaban los domingos oyendo confesiones en la corte, pues el rey Juan III los tenía en gran estima.  Esa fue la razón por la que el P. Rodríguez tuvo que quedarse en Lisboa.  También San Francisco Javier se vio obligado a permanecer ahí ocho meses y, fue por entonces cuando escribió a San Ignacio: "El rey no está todavía decidido a enviarnos a la India, porque piensa que aquí podremos servir al Señor tan eficazmente como allí".  Pero Dios tenía otros planes y Francisco Javier partió hacia las misiones el 7 de abril de 1541, cuando tenía 35 años, el rey le entregó un breve por el que el Papa le nombraba nuncio apostólico en el oriente.  El monarca no pudo conseguir que aceptase más que un poco de ropa y algunos libros.  Tampoco quiso Javier llevar consigo a ningún criado, alegando que "la mejor manera de alcanzar la verdadera dignidad es lavar los propios vestidos sin que nadie lo sepa".  Con él partieron a la India el P. Pablo de Camerino, que era italiano, y Francisco Mansilhas, un portugués que aún no había recibido las órdenes sagradas.  En una afectuosa carta de despedida que el santo escribió a San Ignacio, le decía a propósito de este último, que poseía "un bagaje de celo, virtud y sencillez, más que de ciencia extraordinaria".

Su cuerpo se conserva incorrupto

Uno de los tripulantes del navío había aconsejado que se llenase de barro el féretro para poder trasladar más tarde los restos. Diez semanas después, se procedió a abrir la tumba. Al quitar el barro del rostro, los presentes descubrieron que se conservaba perfectamente fresco y que no había perdido el color; también el resto del cuerpo estaba incorrupto y sólo olía a barro. El cuerpo fue trasladado a Malaca, donde todos salieron a recibirlo con gran gozo, excepto Don Alvaro de Ataide.  Al fin del año, fue trasladado a Goa, donde los médicos comprobaron que se hallaba incorrupto. Ahí reposa todavía, en la iglesia del Buen Jesús.

Francisco Javier fue canonizado en 1622, al mismo tiempo que Ignacio de Loyola, Teresa de Avila, Felipe Neri e Isidro el Labrador.